Alexandre Bonvin is hoogleraar computationele structuurbiologie aan de Universiteit Utrecht. Zijn afdeling gebruikt chemische en fysische methoden om te kijken naar biologische problemen. “We proberen de molecuul van het leven te begrijpen. Hoe zien de moleculen eruit en hoe praten ze met elkaar. We proberen het sociale leven van moleculen in kaart te brengen.” Een interview in de serie De Voorste Linie, gesprekken met wetenschappers over hun werk, supercomputers en virtuele netwerken.

[Download de iPad app FMT magazine waarin de complete serie De Voorste Linie is gebundeld in de editie Big data en wetenschap, of bekijk de html5 website.]

“De natuur neemt ons in de maling”

“Hoeveel we van het sociale leven van moleculen weten? Aan de ene kant best veel. We kennen het netwerk. Net zoals we de links tussen mensen op Facebook kennen, kennen we de links tussen moleculen. Maar we weinig van hoe ze in de praktijk met elkaar omgaan. Net als bij Facebook. Hoe zien die mensen eruit? Hoe kussen ze elkaar? Hoe ziet het sociale leven eruit? Dat is belangrijk om te weten. Want als er in deze netwerken wat mis gaat, zorgt dat voor ziekte. De oorsprong van veel ziekten is een miscommunicatie of teveel communicatie in deze netwerken.”

“We onderzoeken nu één steen in een grote pyramide en we zijn momenteel aan de onderkant van die pyramide. We leveren kennis over de structuur en werking van de netwerken die gebruikt kan worden bij de ontwikkeling van nieuwe medicijnen. Als ik weet hoe het slot in elkaar zit, kan ik gaan werken aan een sleutel die erin past.”

Bonvin zet grote computerkracht in om 3D-modellen van de moleculen uit te rekenen. Met voorspellingen kunnen bewegingen worden nagebootst. “Wat we geleerd hebben van dit werk? Dat de natuur ons in de maling neemt. We begrijpen nog heel weinig van het sociale leven van moleculen. Het is voor ons nog onmogelijk om te voorspellen wie met wie omgaat. De modellen zijn nog niet nauwkeurig genoeg.”

“Communicatie heeft de wetenschap compleet veranderd”

Zijn team ontwikkelt tools en services om onderzoekers wereldwijd te bedienen. Middels gedistribueerde computernetwerken kunnen complexe berekeningen worden gedaan. “We proberen gebruiksvriendelijke diensten te bouwen waarbij de onderzoeker resultaat krijgt zonder met een ingewikkeld systeem geconfronteerd te worden. Mensen gebruiken wereldwijd onze tools. Dat maakt me blij. Dan doe je iets nuttigs.”

“De communicatiemogelijkheden van internet hebben de wetenschap compleet veranderd. Het is snel en stopt het nooit. E-mails blijven binnenstromen. ‘s Ochtends uit Azië, later op de dag uit de US. Daardoor is de uitwisseling van data eenvoudiger geworden. Zonder de huidige netwerken zouden we ons werk niet kunnen doen. Er zit wel een risico aan de hoeveelheid data. Het gevaar bestaat dat als iedereen alle data beschikbaar stelt, we straks niks meer kunnen vinden. We moeten daar slim mee omgaan.”

[Bekijk boven de samenvatting of hieronder het complete gesprek]

[Een deel uit de serie De Voorste Linie waarin onderzoekers over de impact van digitalisering op hun werk vertellen]